De acuerdo con el clima se distinguen varios tipos de vegetación:
a) tropical, que corresponde a las tierras calientes, donde destacan: el cedro, caoba, campeche, mora, cocobola, guayacán, bananos, helechos gigantes, hule, cacao y palmeras;
b) subtropical, en las zonas templadas, donde prosperan los principales cultivos: café, caña de azúcar, maíz y fréjoles, los árboles frutales (naranjo, aguacate y mango) y otros que aportan ricas maderas de construcción;
c) subalpina, en altitudes superiores a 2000 m, en la que descuellan los bosques de encinas y, a mayores altitudes, los mirtos y praderas alpinas.
También la fauna es rica y variada. Entre los mamíferos destacan: jaguares, pumas, tapires, jabalíes, ciervos, cabras de monte, monos, conejos, ardillas y coyotes; entre las aves: gavilanes, águilas, cernícalos, golondrinas, tórtolas, urracas, zopilotes, perdices y muchas especies de pájaros pequeños y loros; entre los reptiles: caimanes, tortugas, escorpiones, sapos, ranas y gran variedad de serpientes, pocas de ellas venenosas. Hay también diversidad de peces en los mares y ríos de la República.
