Para resultar eficaz un desinfectante debe ser: 1) un poderoso germicida, letal para los organismos contra los que se aplica; 2) estable, no tan reactivo con la materia orgánica que desaparezcan sus propiedades germicidas; 3) homogéneo y fácilmente soluble en la concentración requerida para la desinfección; 4) relativamente inocuo para los tejidos animales en concentraciones suficientes para matar las bacterias infecciosas; 5) no corrosivo pero capaz al mismo tiempo de penetrar profundamente; 6) finalmente, debe tener un coste moderado y poseer propiedades desodorizantes y detergentes.
Algunos desinfectantes matan por reacción química con los compuestos vitales del protoplasma de los microorganismos. Los compuestos de cloro, el peróxido de hidrógeno y el permanganato potásico actúan oxidando los compuestos del protoplasma. Las sales de los metales pesados reaccionan con las proteínas del protoplasma para formar compuestos que excluyen la vida. El calor, la luz ultravioleta y los rayos X originan cambios irreversibles y mortales en el protoplasma. Como la desinfección depende en su mayor parte de reacciones químicas, todos los factores que influyen en éstas afectarán a la eficacia de un desinfectante. Así sucede con la temperatura: un aumento de 10 °C incrementa de dos a cuatro veces el poder letal del fenol. También es importante el papel desempeñado por el tiempo, pues unos desinfectantes actúan mucho más rápidamente que otros. Como la desinfección supone probablemente la coagulación de la proteína —una reacción que requiere agua—, la humedad es casi siempre esencial para una desinfección conveniente. Esporas secas de ántrax han sobrevivido tras haber estado expuestas durante una hora en una atmósfera con un 44,7 % de cloro y, sin embargo, humedecidas, murieron con sólo un 4 % del mismo gas. Otros factores que influyen en la eficacia de los desinfectantes son la concentración relativa del desinfectante y del material a tratar; la presencia de materias extrañas; la tensión superficial del material a desinfectar (si es líquido); y la edad y especie de los microorganismos.
