La secta preconiza el bautismo por inmersión como único verdadero, basándose en el Nuevo Testamento, la práctica general de la inmersión por los primitivos cristianos y el simbolismo que encierra la inmersión de una vida redimida, a tenor de las epístolas de San Pablo a los Romanos (6:1-11) y a los Colosenses (2:12). La presunción de que el bautismo ha de administrarse para regenerar a los creyentes excluye a los niños.
Los baptistas adoptan normalmente la autoridad de la Biblia como inspirada por Dios, la divinidad de Cristo, el acceso directo del individuo a Dios con plena libertad espiritual y responsabilidad consiguiente, la necesidad de la unión de corazón (llamada «fe») con Dios, como requisito previo para la vida en el Reino de los Cielos, y el gobierno de Cristo en ese reino.
Dada la presunción del derecho a interpretar individualmente la Biblia como afirmación de libertad espiritual, abundan entre ellos las opiniones. Ya en los primeros tiempos, cuando un grupo (calvinista) procedió a sostener que, aunque la redención de Cristo se extendía a todos los hombres, su aplicación se hacía conforme a la decisión soberana de Dios, otro grupo afirmó que el único límite a la eficacia de la redención era la actitud del individuo. Parecidas diferencias se manifiestan en las ideas baptistas en cuanto a la inspiración de las Escrituras, las relaciones de la Iglesia con sus miembros y el factor milagroso de la religión. Los conservadores a ultranza recibieron el nombre de fundamentalistas y los extremistas liberales, el de modernistas.
Los baptistas han insistido en todo tiempo en la libertad completa de conciencia y la separación orgánica absoluta de la Iglesia y el Estado. Esta actitud representó en algunos países como Norteamérica una contribución social significativa. Sostienen también los baptistas que el Nuevo Testamento sólo impone la práctica de dos sacramentos: el del Bautismo y el de la Eucaristía.
