Baviera reviste en general forma de meseta con una elevación que en gran parte sobrepasa los 600 m. El terreno es más elevado al S del Danubio, en Baviera meridional, que es una meseta circundada por montañas y atravesada por numerosos afluentes del Danubio que corren hacia el N y el NO. La altura va aumentando hacia el S hasta llegar a los Alpes centrales o, más exactamente, los Alpes Allgäu y los Alpes Bávaros. En estos últimos se encuentra la Zugspitze (2955), la cumbre más alta de Alemania. Al N del Danubio desciende el terreno, que aparece diversificado por los montes. En el E, inmediatamente al N del Danubio, surge la Selva de Baviera, que, respaldada por la Selva de Bohemia, forma en gran parte la frontera oriental de Baviera. Los picos de estas cadenas orientales se elevan de 900 a 1200 m sobre el nivel del mar. El Jura franconiano, que atraviesa la porción septentrional de Baviera en dirección SO-NE, supera los 600 m de altura. Las fronteras septentrionales están marcadas por la Selva de Turingia y los Fichtelgebirge, cuyas cimas sobrepasan los 900 metros.
Las zonas meridional y oriental vierten sus aguas hacia el E a través del curso alto del Danubio y de sus afluentes, los más importantes de los cuales son el Iller, Lech, Isar e Inn por el S y el Altmühl por el N. La zona noroccidental desagua en el Rin por el sistema del Main. El Canal Ludwig une este río con el Danubio para facilitar la navegación fluvial.
