La cuenca del San Lorenzo, al E del país, domina a las demás. En unión de los Grandes Lagos proporciona una ruta fluvial y lacustre que penetra en el interior del continente más de 3700 km; sus tributarios son el Saguenay, St. Maurige, St. John y Ottawa, que drenan una cuenca rica en recursos naturales e industriales. Casi la mitad del Canadá vierte sus aguas en la bahía de Hudson. El Nelson (más de 2570 km), con sus tributarios Saskatchewan del N y del S, que nacen en las Rocosas, sirve de desagüe a toda la zona de las Praderas y Llanuras Interiores. Al S del Nelson, el Severn, Albany y Moose drenan la zona que rodea a la gran bahía de Hudson, mientras al N del Nelson desembocan en la bahía el Churchill y el Dubawnt, que, tras atravesar el lago de su nombre, termina en el Chesterfield Inlet. Todavía más al N, y como desagüe del lago Aylmer, el río Back, o de los Grandes Pescados, termina en el Ártico al S de la Península de Félix Boothia. En el Ártico acaban también su curso el Mackenzie, el río más largo del país, con sus tributarios Peace, Athabasca, Liard y el Coppermine. La proximidad a la costa del Pacífico de sistemas montañosos, impide la presencia de ríos importantes en el O y NO; los más notables son el Yukón, que drena la mayor parte del territorio del Yukón y desemboca en el Mar de Bering, después de atravesar Alaska; y el Fraser y Columbia, sistemas que drenan la mayor parte de la Columbia Británica; el primero desemboca frente a la isla de Vancouver, mientras el segundo pasa al territorio de Estados Unidos y acaba su curso por Astoria (Oregón).
Más de 610 000 km2, proporción elevadísima del país, está cubierto por lagos, de tamaños muy variables, y algunos de ellos de los mayores del mundo, como los Grandes Lagos (Superior, Hurón, Erie y Ontario, pues el Michigan es totalmente estadounidense), Gran Lago de los Osos, Grandes y Pequeños Esclavos, Athabasca, Reinder, Winnipeg, Winnipegosis y otros.
