Las plantas productoras de algodón se ven expuestas a numerosas enfermedades, que pueden producirse por influjo meteorológico, plagas de insectos o imperfecciones de cultivo. Las diferentes enfermedades del algodón (tizón, gorgojo, etc.) ocasionan cuantiosas pérdidas anuales. El empleo de variedades resistentes, el tratamiento de las semillas, la fumigación del suelo y el mejoramiento de los procedimientos de cultivo pueden ayudar a reducir tales pérdidas.
Los campos de algodón se ven invadidos por nada menos que unas 700 especies de msectos característicos. De ellos, unos ejercen su acción contra las plantas, otros son parásitos que viven a costa de sus vecinos y otros en fin, frecuentan los cultivos, pero no perjudican la cosecha. Las plagas más dañinas son las del picudo o grillo de la cápsula, la oruga del algodón, la oruga de la hoja, el ácaro o arañuela roja, la oruga de los yuyos, el pulgón, etc.
