Las dos regiones topográficas tienen distintas plantas y animales. La zona costera es de vegetación subtropical; abundan el palmito (árbol del estado), robles y magnolios, el olivo americano, enebro y diversas variedades de yuca. La zona pantanosa tiene su flora peculiar: cipreses, túpelos y acerolos. Las colinas arenosas también tienen su vegetación característica, como el pino, el nogal americano y el roble. Principales árboles frutales son los ciruelos, albaricoques, cerezos y avellanos. El sur produce también exuberancia de flores diversas: rosas, violetas, jazmines, azaleas y camelias.
La fauna comprende el ciervo de Virginia, el conejo de los pantanos, gato montés, zarigüeya, mapache, rata almizclera, marmota, zorro gris y rijo, ardillas, topos, murciélagos y comadrejas. En la región costera se pescan numerosas especies, entre las que destacan los camarones, ostras y cangrejos. Diversos viveros repueblan las corrientes fluviales. Es asimismo considerable la abundancia de aves: patos, pelícanos, agachadizas, codornices.
Carolina del Sur tiene dos bosques nacionales importantes: el Sumter, de 5690 km2 de extensión, y el Francis Marión, que se extiende sobre 1678 kilómetros cuadrados.
