Está relacionada con la existencia de dos métodos de Reproducción distintos, que generalmente se llaman sexual y asexual. La reproducción sexual se basa en la producción por los padres de unas células especiales llamadas gametos; la unión de dos gametos en condiciones apropiadas puede formar un cigoto; éste es el principio de un nuevo individuo, de una nueva generación. La reproducción asexual se realiza de muchos modos y todos ellos se caracterizan por la inexistencia de unión celular. El contraste más acusado con el método sexual, que incumbe a la alternación de generaciones, es la producción de esporas, cuerpos reproductores especiales (frecuentemente células unitarias), cualquiera de los cuales puede convertirse en un nuevo individuo. En algunos grupos, el de Hongos especialmente, un mismo individuo puede producir gametos y esporas. En algunos grupos de Algas no es muy clara la diferencia entre esporas y gametos, y. algunas células pueden actuar como una o como otro, según las circunstancias. Pero en la mayoría de los grupos, una sola planta se reproduce por esporas o por gametos, pero no por ambos; según los casos, recibe el nombre de esporofita o gametofita, respectivamente.
Clasificados de esta forma los métodos de reproducción, se ha de observar que de la unión de gametos formados por una gametofita resulta casi invariablemente una esporofita, mientras que las esporas formadas por una esporofita desarrollan gametofitas. Ambas clases de reproducción se alternan en la sucesión indefinida de las generaciones.
Otra característica digna de notar es que, excepto en unas pocas algas, las esporofitas y las gameto-fitas de una especie difieren en su aspecto, así como en el método de reproducción. Donde esta particularidad se hace más patente es en los Helechos. La planta que conocemos por helécho es la esporofita, provista de esporas en las hojas. Las esporas se convierten en pequeñas plantas lisas, gametofitas, totalmente distintas de la planta madre, pero el cigoto formado por la unión de gametos se convierte de nuevo en un helécho ordinario. Las generaciones alternas difieren en estructura.
Un tercer punto que hay que tener en cuenta es que las esporofitas y las gametofitas difieren en el número de Cromosomas de sus células. El número de cromosomas de cada célula permanece constante durante el crecimiento; cada célula tiene el mismo número que tenía en la espora o cigoto del que procede toda la planta. El número que caracteriza las células de la gametofita, número característico de la especie, se llama número simple o haploide. Al unirse los gametos, el número de cromosomas se duplica en el cigoto y cada célula de la esporofita que procede del cigoto tiene número doble o diploide. Las esporas se forman por un método peculiar de división de células que separa los cromosomas en grupos simples; las esporas son haploides.
En muchos grupos es tan grande la diferencia entre las generaciones que casi se elimina una de ellas. En los Musgos y en las Hepáticas, la esporofita, que procede de un cigoto, nunca se libra de la planta madre sino que pasa su breve vida adherida a ella y sus funciones casi se limitan a la producción de gran número de esporas. Por otro lado, entre los licopodios y unos pocos heléchos, la gametofita es aún más pequeña que la de los heléchos comunes y puede crecer bajo tierra alimentándose de lo que la planta madre le deja. Los Pinos y sus afines producen cuerpos que se pueden comparar con las esporas, los cuales no se desprenden de sus receptáculos, sino que se desarrollan dentro de los tejidos maternos y se convierten en pequeños cuerpos haploides que corresponden a las gametofitas; el polen representa también parte de la generación gametofita. Entre las plantas con flores, la gametofita está representada solamente por el polen y por unas pocas células del embrión de la semilla.
