La alfalfa no se ve libre del ataque de las enfermedades y los insectos. Entre las primeras son sobre todo destructoras el agostamiento bacteriano y la podre o caries de la raíz. Entre las demás enfermedades se cuentan: la pústula amarilla de la hoja, la mancha de la hoja, la verruga de la corona, la roña y el carbón del tallo. Entre los insectos más dañinos citaremos el gorgojo de la alfalfa, que se alimenta de los vástagos y brotes tiernos, y los saltones, que son probablemente los que más daño producen. Los roedores causan también grandes destrozos en las raíces de la planta.
