Las bacterias son organismos diminutos, simples, unicelulares, que se multiplican con gran rapidez, habitualmente por simple fisión, dividiéndose en uno, dos o tres sentidos. Dada su pequeñez y simplicidad, resulta difícil clasificar las bacterias partiendo de similitudes y diferencias de estructuras hasta con la ayuda de los modernos y potentes microscopios. Se reconocen generalmente, sin embargo, tres formas principales entre las bacterias comunes: cocos, bacilos y espirilos. Los cocos son esféricos. La disposición de las células filiales al dividirse la célula madre determina sus diferentes especies. Si se dividen formando largas cadenas, se denominan estreptococos; si forman racimos, estafilococos; si se agrupan en formaciones cúbicas de ocho, sarcinas; unos se presentan aislados (micrococos) y otros por parejas (diplococos). Los bacilos tienen forma de bastoncillo. Las diferentes especies de bacilos varían grandemente en cuanto a tamaño y forma terminal de la célula, que puede ser cuadrada, redonda o apuntada. Entre los de estructura curvada se distinguen los espirilos, que presentan relativamente pocas y poco definidas espiras; los espiroquetas (o treponemas), flexibles y provistos de seis a quince espiras estrechamente formadas; y los vibrios, que adoptan la forma de comas.
Las bacterias no se incluyen en el grupo de plantas productoras de coloración verde (clorofila). Existe desacuerdo entre los botánicos, protozoólogos y zoólogos respecto a su definición y clasificación. Para mayor sencillez, las bacterias pueden clasificarse como hongos unicelulares denominados hongos de fisión o esquizomicetos. La clase esquizomicetos comprende cinco órdenes (véase esquema).