Copenhague aparece mencionada por vez primera en 1043 con el nombre de Hafnia, villa de pescadores, fortificada en 1167 y elevada al rango de burgo en 1254 por los obispos de Roskilde. En 1443, reinando Cristóbal I, pasó a ser residencia real y capital de Dinamarca. Éntre los siglos xii y xvi sufrió numerosos ataques por parte de las ciudades hanseáticas.
En 1658-59 fue sitiada por los suecos y en 1700 por una flota anglo-sueco-holandesa. En 1801, en el curso de las Guerras napoleónicas, Lord Nelson, bajo el mando supremo del almirante Sir Hyde Parker, derrotó a la armada danesa en el puerto de Copenhague y bombardeó la ciudad. En 1807 sufrió un nuevo bombardeo inglés. Durante la II Guerra Mundial estuvo ocupada por los alemanes de 1940 a 1945, sin que sufriera graves daños. Véase Dinamarca.