El sistema de la Iglesia Baptista es congregacional. Cada iglesia rige sus propios asuntos. Los únicos cargos considerados esenciales son los mencionados en el Nuevo Testamento: «pastores» y «diáconos». Las iglesias modernas, por causa de la multiplicación de funciones, cuentan con muchos servidores y múltiples comisiones. Las iglesias se consideran democracias espirituales, sumisas siempre al espíritu de Cristo, pero independientes de todo poder o tribunal eclesiástico exterior. Sus propios miembros son los encargados de acordar las normas de disciplina necesarias. La admisión, el traslado o expulsión de todo miembro corresponde también a todos. Con espíritu teóricamente tan fraterno no se considera necesario ningún credo formal. La única autoridad en materia de fe y conducta es el Nuevo Testamento. No obstante todo ello, algunas iglesias han formulado «Declaraciones de Fe» y casi todas, una especie de estatuto de cooperación en la esfera de funcionamiento y culto.
Los candidatos al ministerio difieren en preparación y opiniones, mas los concilios de ordenación conceden, en general, menos importancia a las pruebas teológicas que a las cualidades espirituales personales de los candidatos. No obstante se exige de los candidatos la plena admisión de los principios de la libertad de conciencia, autoridad divina de las Escrituras y necesidad de una experiencia redentora. Las ordenaciones se realizan mediante variados ejercicios optativos. En ocasiones comprenden la vieja ceremonia de la «imposición de manos». Los baptistas se organizan en asociaciones locales, convenciones provinciales y sociedades nacionales, con responsabilidades religiosa y financiera. No ejercen funciones legislativas, a menos que reciban autorización para ello de los miembros constituyentes.
