El método fue descubierto en 1909 por un botánico, Michael Tswett, que utilizó los principios de la adsorción selectiva para separar los pigmentos fuertemente coloreados de las hojas de las plantas (v. Coloración de las plantas). La separación se controlaba observando los cambios de color y aunque hoy los métodos cromatográficos se aplican frecuentemente a sustancias incoloras, se sigue empleando el nombre de cromatografía.
En la separación cromatogràfica las sustancias, en un disolvente apropiado, se hacen pasar por una columna de algún material adsorbente, como carbón activo o resinas sintéticas de cambio iónico. Las sustancias disueltas son adsorbidas por separado, una de ellas al principio de la columna, las otras en diversos intervalos. Después se lava la columna con un disolvente y de este modo las sustancias son recogidas separadamente.
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